El CAEM es un órgano desconcentrado de la Comunidad de Madrid creado para ejercer como Autoridad de Control de la producción agraria ecológica y aplicar el Régimen de Control establecido en el Título V del Reglamento (CE) 834/2007, y sus normas de aplicación establecidas en el Título IV del Reglamento (CE) 889/2008, en el ámbito territorial de la Comunidad de Madrid.
Las dos tareas principales del CAEM son, por una parte, Controlar y Certificar la Producción Agraria y Alimentaria Ecológica, garantizando el cumplimiento de la Normativa de Producción Ecológica y, por otra, promover el Consumo y la Difusión de los productos agroalimentarios ecológicos.